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高等研究院
武汉大学高等研究院（The Institute for Advanced Studies of Wuhan University）（简称高研院IAS）为直属学校相对独立运行的科研机构，成立于2014年4月，中国科学院院士朱玉贤教授担任首任院长。高等研究院优先发展生命科学、化学、物理学、材料科学及相关研究领域，强调以基础研究为主，聚焦学科前沿，倡导学科交叉，围绕重大科学问题开展探索研究。
医学研究院
武汉大学医学研究院（Medical Research Institute, Wuhan University）成立于2014年4月，坐落于武汉大学医学部的双湖实验综合大楼，总面积约15000㎡，由武汉大学副校长舒红兵院士兼任首任院长。武汉大学医学研究院是武汉大学高水平人才的科研创新特区，发展目标是聚集高水平的科研队伍，整合学科资源优势，促进基础和临床医学的结合与转化研究，进一步提升武汉大学医学学科的学术实力，建设具有国际影响的高水平医学研究基地。
工业科学研究院
武汉大学工业科学研究院（The Institute of Technological Sciences of Wuhan University）（简称ITS）成立于2017年4月，坐落于武汉大学雅各楼，为直属学校相对独立运行的科研机构。武汉大学动力与机械学院院长刘胜担任执行院长。工业科学研究院以武汉大学工程学科为基础，汇集多学科高端人才，以先进制造、新能源、先进材料和航空航天为主要发展方向，依托武汉大学多学科发展和学科交叉的优势，探索研究工程学科前沿科学问题，协助解决工业共性难题和产生颠覆性新行业。进一步提升武汉大学工学学科的学术实力，建设具有国际影响的高水平工学研究基地。
中国主体功能区战略研究院
武汉大学中国主体功能区战略研究院（China Institute for Main Function Area Strategy of Wuhan University）（简称CIMFAS）是武汉大学独立科研机构，由国家发展改革委与武汉大学于2017年4月共同发起成立。武汉大学副校长李建成院士任院长。中国主体功能区战略研究院以推动实施主体功能区战略为主题，充分发挥国家发展改革委的政策协调作用和武汉大学的多学科优势，围绕深化完善主体功能区战略和制度，空间规划改革试点，资源环境承载能力评估、监测、预警和管控，国家重点生态功能区建设，海洋主体功能区建设等领域，开展前瞻性、应用性、政策性研究、培训和教学工作，努力建设成为主体功能区战略和制度研究的高端智库,适应主体功能区战略发展需求的复合型人才培养基地,以及资源环境承载能力和国土空间开发评估的第三方权威机构，为我国主体功能区建设提供理论、技术、政策和人才支撑。
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